Die Vegetation des Jura entspricht anfangs weitgehend der der ausgehenden Trias. Nacktsamige Pflanzen wie Nadelbäume, Gingkogewächse und Farnsamer wie Bennetiteen, Cycadeen, Nilssonien u.a. nehmen in Artenzahl und Verbreitung während des Jura weiterhin zu. Nilssonien unterscheiden sich von den Cycadeen oder Palmfarnen durch Haarkanäle in der Nähe des Blattrandes.
Daneben existieren weiterhin reichlich höhere Sporenpflanzen wie Schachtelhalme, Farne und Moose. Gräser existieren noch nicht. In der eisfreien Antarktis existiert wie schon in der Trias eine reiche Flora die sich vorwiegen aus Cycadeen, Benetiteen, Farnsamern und Farnen zusammensetzt. Ähnliche Vegetation in Australien, Indien und sogar England läßt auf Landbrücken zwischen den Kontinenten und ein räumlich ausgeglichenes Klima schließen. Neu unter den nacktsamigen Nadelbäumen ist die Familie der Zypressengewächse (Fam. Cupressaceae) und der Araukariengewächse (Fam. Araukariaceae). Die Araucarie, als Zimmertanne bekannte und beliebte Zierpflanze ist ein lebendes Fossil. Sie existiert heute noch wild in Südamerika. In Arizona (USA) versteinerte im Jura ein ganzer Wald von vorwiegend Araucarien im Sand. Entsprechend des umgebenden Gesteins verkieselten die Stämme, d.h sie wurden durch kieselsäurehaltige (Quarz, SiO2) Mineralien ersetzt. Dieser petrified Forest (engl. versteinerter Wald) liegt heute in einem Nationalpark und ist als Naturdenkmal geschützt. Stämme von außerhalb der Nationalparks werden in Scheiben geschnitten und als Zierstein verarbeitet. Wacholder (Juniperus) und Thuja beispielsweise gehören zu dieser Familie. Auch der Ursprung der Baumgiganten liegt mit dem erstmaligen Auftreten der Familie der Sumpfzypressengewächse (Taxodiaceae) im Jura. Der berühmte Mammutbaum (Sequoia gigantea) aus Nordamerika und der Urwaldmammutbaum ( Metasequoia glyptostroboides) gehören hierher. Reste erster Kieferngewächse (Fam. Pinaceae) stammen bereits aus der Obertrias. Zu ihnen zählen zahlreiche Nadelbäume wie Kiefer (Pinus), Tanne, Fichte und Lärche. Zu Beginn des Jura sind Kieferngewächse bereits sehr häufig. Auch die Eibengewächse (Fam. Taxaceae) sind mit der giftigen Eibe (Taxus baccata) selbst bereits vorhanden. Reste von Pflanzenkörpern bedecktsamiger Blütenpflanzen sind für den Jura nicht nachgewiesen. Allerdings deuten Pollenfunde auf die Anwesenheit bedecktsamiger Pflanzen hin. Die Tatsache, dass Bedecktsamige Pflanzen in der Kreide bereits in großer Anzahl auftreten, spricht für die Existenz primitiver Formen bereits im Jura. Im Gegensatz zu den Nacktsamern, ist der Same von bedecktsamigen Pflanzen in einen Fruchtknoten aus verwachsenen Fruchtblättern eingeschlossen. Der Fruchtknoten schützt den Samen vor Trockenheit und Kälte. Die Mehrzahl der heute lebenden Blütepflanzen sind Bedecktsamer. Das pflanzliche Leben in den Meeren wird im wesentlichen aus höheren Algen wie Rotalgen, Braunalgen, und oben angesprochenen gesteinsbildenden Armleuchteralgen gestellt.
