Allein die Vielzahl der in den Meeren lebenden Fischarten ist mittlerweile schwer überblickbar: Die Entwicklung der Klasse der Knochenfische (Osteichthyes), welche den Großteil heute lebender Fische mit einschließt, schreitet bereits seit dem Silur (440 -410) in großen Schritten voran. Ihre Formenvielfalt nimmt während des Jura in großem Maße zu. Häufig in den Solnhofener Plattenkalken ist Leptolepis sprattiformis. Er ähnelt der Sprotte.
Wichtige Vertreter der Strahlenflosser (Actinopterygii) während des Jura sind Lepidotus und Dapedius.
Unter den Lungenfischen (Dipnoi) ist Ceratodus weltweit verbreitet. Die Knorpelfische (Klasse Chondrichtyes) einschließlich der Haiähnlichen sind reichlich vertreten, zeigen jedoch keine besonderen Entwicklungssprünge.
Quastenflosser (Crossopterygii) sind fossil schon seit dem Devon bekannt und galten als vor 65 Millionen Jahren ausgestorben. Ein sehr prominentes lebendes Fossil ist Latimeria chalumnae. Eine Weltsensation war es, als 1938 ein Fischer vor der südafrikanischen Küste einen 1,2 m großen Quastenflosser fing. Daraufhin wurden weitere Tiere in bis 800m Wassertiefe im Bereich der Komoren entdeckt. Die Tiere ereichen eine Länge von 1,8 m, ihre fossilen Vertreter allerdings überschreiten etwa 30cm Länge nicht. Das Skellet von Latimeria chalumnae besitzt die knochige Anlagen von 4 Beinen als Flossen und wird deshalb als Vorfahre aller Vierbeiner in Betracht gezogen. Er ist außerdem ovovivipar, das heißt die Jungen schlüpfen im Mutterleib und kommen dann lebend zur Welt.
