Ein denm Pyrit sehr nahe verwandtes Mineral mit gleicher chemischer Zusammensetzung ist der Markasit. Er unterscheidet sich vom Pyrit durch ein rhombisches Kristallsystem und Fehlen der typischen Streifung. Sein spezifisches Gewicht ist etwas geringer und sein Strich grün-grau. Unvollkommene, derbe Aggregate sind von Pyrit rein äußerlich so gut wie nicht zu unterscheiden. Die im Handel erhältlichen Markasit-Knollen sind meist Übergangsformen, sogenannte Pseudomorphosen von Pyrit nach Markasit. Markasit-Kristalle, die durch den Druck des darüberliegenden Sediments horizontal auskristallisieren und dadurch flache meist rundliche Kristallformen bilden sind im Handel als Markasitsonne erhältlich. Ähnlich in Färbung und Gewicht ist auch Kupferkies (CuFeS2).
